正统十四年（1449年），朱祁镇在宦官王振怂恿下御驾亲征，遭遇“土木堡之变”被瓦剌俘虏。消息传回京城，钱皇后悲痛欲绝。为救丈夫，她拿出全部积蓄，献出皇帝赏赐的奇珍异宝，还发动后宫嫔妃凑钱，可瓦剌人收下财物却无意放回朱祁镇。

新帝朱祁钰登基后，朱祁镇被尊为“太上皇”，实则被软禁在南宫，生活困苦，缺衣少食。钱皇后每日以泪洗面，日夜为丈夫祈福，因长期哭泣哭瞎一只眼，又因长期跪地受风寒侵袭瘸了一条腿。她生活清贫，为维持生计，带着宫女做女工、织布，将成品拿去集市换钱。

景泰八年（1457年），朱祁镇在石亨等人支持下发动“夺门之变”成功复辟。复辟后，朱祁镇下诏恢复钱皇后之位，尽管她已残疾且失去生育能力，还曾有大臣反对，但朱祁镇不为所动。朱祁镇还对钱皇后恩宠有加，临终前叮嘱太子朱见深，要让钱皇后死后与自己合葬。