万历二十二年（1593年），“争国本”事件中，顾宪成等因反对神宗立宠妃之子福王朱常洵为太子，触怒神宗被革职。万历三十二年（1604年），顾宪成等人修复宋代杨时讲学的东林书院，与高攀龙、钱一本等在此讲学，讽议朝政、评论官吏，逐渐形成政治集团，被反对派称为“东林党”。

东林党人主张开放言路、反对宦官干政、反对矿税等，得到社会广泛同情与支持。万历三十九年（1611年）的“癸巳京察”，东林党人赵南星等主考，他们利用职权打击政敌，使得东林党势力进一步壮大。此后，东林党与浙党、楚党、齐党、秦党等党派相互倾轧，党争不断。

天启年间，熹宗即位，东林党人杨涟、左光斗等拥立太子朱由校继位有功，得以重新启用，东林党一度掌握朝政大权。但魏忠贤掌权后，形成“阉党”，对东林党进行残酷镇压。天启五年（1625年），魏忠贤借熊廷弼事件，诬陷东林党人杨涟、左光斗等有贪赃之罪，大肆搜捕东林党人，杨涟、左光斗等“东林六君子”冤死狱中。天启六年（1626年），魏忠贤又杀害高攀龙、周起元等七人，史称“后七君子”，东林书院也被限期拆毁，讲学中止。

崇祯帝即位后，惩处魏忠贤为首的阉党集团，昭雪平反东林党人冤案，并下旨修复东林书院。东林党人一度入阁，但此时东林党内部出现分裂，且清议之风盛行，多空谈而不切实际。袁崇焕被捕治罪后，东林党人又被迫退出内阁，逐渐失去影响力。

南明弘光政权建立后，东林党人钱谦益等在朝廷中仍有较大影响力，但南明政权内部依然党争不断。清军南下，弘光政权覆灭，东林党人在抵抗清军过程中表现不一，有的坚持抗清，如史可法；有的则选择投降，如钱谦益，遭到后人诟病。